XenCenter to bezpłatna, zintegrowana konsola administracyjna umożliwiająca konfigurację, zarządzanie, monitorowanie i aktualizowanie serwerów XenServer. XenCenter udostępnia opcje pozwalające tworzyć i zarządzać pulami serwerów, jak i pojedynczym hostem. Za pomocą konsoli łatwo można dodawać i edytować maszyny wirtualne, dyski wirtualne oraz lokalne i współdzielone magazyny danych, a także zarządzać wirtualnymi sieciami.

W każdej maszynie wirtualnej dostępny jest graficzny KVM, który - o ile to możliwe - może pracować z wykorzystaniem Pulpitu zdalnego. XenCenter umożliwia również przypisanie licencji do hostów oraz generowanie raportów o stanie puli bądź poszczególnych serwerów. Jest to również jedyne narzędzie pozwalające instalować poprawki do hypervisora.

Możliwości XenCenter można rozszerzyć poprzez instalację nieoficjalnych rozszerzeń tworzonych przez społeczność, na przykład do tworzenia map połączeń czy zarządzania zewnętrznym serwerem licencji bezpośrednio w programie.