Po wydarzeniach z roku 2085, kiedy praktycznie cała ludzkość uległa zagładzie, nieliczna garstka ocalałych ludzi stawia sobie za zadanie przywrócenie planecie dawną jej świetność. W tym celu rozpoczynają specjalny projekt mający służyć ich sprawie. Warzone 2100 to strategia czasu rzeczywistego oparta o dobry silnik 3D.

Zadaniem gracza jest objęcie dowództwa nad jedną z wielu armii rozsianych po całym kosmosie, odpieranie ciągłych ataków wroga, a przy tym starania o jak najszybszy i możliwie najbardziej efektywny rozwój swojej bazy. Ważne jest, by oprócz walki dbać o budowę fabryk, ośrodków naukowych, centrów dowodzenia, generatorów mocy, platform z paliwem oraz innych ośrodków niezbędnych do prawidłowego funkcjonowania i zwyciężania. Istnieje możliwość dowolnego sterowania jednostkami bojowymi pod względem zarówno taktycznym jak i bojowym.

Każdej, oddzielnej jednostce możemy przypisać indywidualne właściwości bojowe. Jednostkom ponadto przydzielony jest odpowiedni poziom samodzielności oraz umiejętności uczenia się oraz przyswajania do panujących warunków bojowych.