Panda USB Vaccine to niewielkie narzędzie, służące do ochrony komputera przed złośliwym oprogramowaniem rozpowszechnianym za pośrednictwem takich nośników danych jak pendrive'y, zewnętrzne dyski twarde, karty pamięci, a także płyty CD/DVD/BD. Zasada działania Panda USB Vaccine jest bardzo prosta. Program daje możliwość całkowitego zablokowania w systemie Windows funkcji autoodtwarzania, która jest jedną z najpopularniejszych metod rozpowszechniania się szkodliwych komponentów.

Dodatkowo narzędzie umożliwia także "zaszczepienie" każdego posiadanego nośnika USB. Operacja ta blokuje plik autorun.inf, dzięki czemu nie może on zostać zmodyfikowany lub podmieniony na inny przez wirusy.