Ninja Pendisk to niewielkie narzędzie przeznaczone do ochrony komputera przed szkodnikami rozpowszechnianymi za pośrednictwem przenośnych nośników danych typu pendrive. Po uruchomieniu program dostępny jest z poziomu systemowego zasobnika (tzw. tray'a).

W momencie podłączenia do portu USB zewnętrznego magazynu danych Ninja Pendisk sprawdza jego zawartość w poszukiwaniu zainfekowanych plików - często są to "autorun.inf" i "ctfmon.exe". Ponadto narzędzie pozwala również zabezpieczyć zawirusowane pendrive'y poprzez utworzenie na nich pliku "autorun.inf" ze specjalnymi atrybutami uniemożliwiającymi jego nieautoryzowaną modyfikację. Ninja Pendisk rozpowszechniane jest jako aplikacja portable (przenośna) i nie wymaga instalacji w systemie operacyjnym.

Gotowa jest do działania tuż po pobraniu.