Master Commander to darmowy (również do zastosowań komercyjnych) menedżer plików stanowiący doskonałą alternatywę dla programu Total Commander. Aplikacja, podobnie jak w innych tego typu programach, posiada dwupanelowy układ wyświetlania plików w formie listy plików lub drzewa (jak również dowolnej ich kombinacji), wspiera podstawowe operacje na plikach i folderach (kopiowanie, przenoszenie, usuwanie, zmiana nazwy), posiada wbudowanego klienta FTP itp. Ponadto autor wzbogacił Master Commandera o zintegrowaną obsługę archiwów:

ZIP, TAR, GZIP, TGZ, BZIP2, RAR (przeglądanie, kompresja z udziałem zewnętrznego kompresora WinRAR), 7ZIP (kompresja i dekompresja z udziałem kompresora 7-ZIP) z funkcją swobodnego przeglądania zawartości, kopiowania i przeglądania wskazanych plików. Master Commander oferuje również opcję szyfrowania i deszyfrowania plików za pomocą algorytmów BASE64, DES, TripleDES, AES (128 i 256 bit) oraz szereg narzędzi w tym do synchronizacji folderów, dzielenia i łączenia plików, do wielokrotnej zamiany nazw, pobierania plików z sieci, konwersji stron kodowych plików i znacznie więcej. Dodatkowo Master Commander pozwala na złożenie podpisu elektronicznego pod plikiem jak również jego późniejszą weryfikację.