Malwarebytes Clean Uninstall Tool to oficjalne narzędzie przeznaczone do skutecznego usuwania z systemu Windows oprogramowania zabezpieczającego firmy Malwarebytes. Kierowane jest ono do użytkowników, którzy napotkali jakiekolwiek problemy z odinstalowaniem wspomnianych programów z wykorzystaniem dostarczanego wraz z nimi deinstalatorami. Malwarebytes Clean Uninstall Tool potrafi skutecznie oczyścić zawartość dysku z plików oprogramowania Malwarebytes, usunąć z rejestru systemowego powiązane wpisy, a także ustawienia użytkownika oraz pliki licencji.

Po zakończonej pracy narzędzie tworzy na pulpicie plik tekstowy zawierający podsumowanie całej operacji. Malwarebytes Clean Uninstall Tool wykorzystany może być do usuwania takich programów jak Malwarebytes Anti-Exploit, Malwarebytes Anti-Malware oraz Malwarebytes 3.x.