FreeFixer pozwala na usunięcie z systemu Windows potencjalnie niechcianych komponentów - wirusów, robaków, trojanów, spyware i adware. Narzędzie charakteryzuje się skutecznością działania i kierowane jest do bardziej doświadczonych użytkowników. Po uruchomieniu przeprowadza ono dokładny skan systemu z uwzględnieniem lokalizacji najbardziej podatnych na wszelakiego rodzaju infekcje.

Następnie wyświetla zestawienie z wszelakimi wykrytymi składnikami, które potencjalnie mogą stanowić zagrożenie. W praktyce jednak większość z nich to aplikacje użytkowe instalowane przez użytkownika, dlatego podczas wybierania komponentów do usunięcia sugerowana jest dokładna analiza. Nieumiejętne wykorzystanie narzędzia prowadzić może do sytuacji, w której dana aplikacja może przestać działać i będzie wymagana jej ponowna instalacja.

FreeFixer dostępny jest w standardowej formie do instalacji w systemie oraz w wersji przenośnej (portable). Twórca udostępnia również edycję Pro posiadającą mechanizm kwarantanny.