Doxygen to narzędzie kierowane do programistów, które pozwala na tworzenie dokumentacji projektów na podstawie kodu źródłowego oraz osadzonych w nim, specjalnie sformatowanych komentarzy. Pierwotnie stworzone ono zostało dla C++, jednak wspiera również inne języki programowania jak C, Objective-C, C#, D, PHP, Java, Python, IDL, Fortran, VHDL oraz Tcl. Program nie należy do skomplikowanych i potrafi w znacznym stopniu uprościć proces tworzenia dokumentacji, głównie w przypadku projektów bardziej rozbudowanych.

Jego działanie opiera się na analizie wczytanych plików z kodem źródłowym i "wyłapywaniu" specjalnych komentarzy, na bazie których generowana jest dokumentacja. Poza samym tekstem narzędzie obsługuje również tabele, wykresy itp. Doxygen umożliwia konfigurowanie wielu różnych aspektów dokumentów związanych z projektami programistycznymi.

Z poziomu kreatora możemy wzbogacić naszą dokumentację o takie elementy jak logo, numer wersji i wiele, wiele innych. Narzędzie dostępne jest dla systemów Windows, Linux oraz Mac OS. Jego obsługa odbywać się może w trybie tekstowym w wierszu poleceń lub z wykorzystaniem graficznego interfejsu.

Twórca przygotował zestaw profili zoptymalizowanych pod kątem najpopularniejszych języków programowania. Wyjściowa dokumentacja zapisana może być w postaci pliku HTML, LaTex, XML, RTF lub stron podręcznika pomocy man.