CuteFTP to najnowsza wersja jednego z najlepszych narzędzi do nawiązywania połączeń z serwerami FTP. Potrafi ono realizować połączenie z wieloma serwerami jednocześnie, do aplikacji dołączony jest "Scheduler", dzięki któremu można określić kiedy operacja ma być wykonana. Oprócz obsługiwania protokołu FTP narzędzie radzi sobie z HTTP i HTTPS (HTTP Secure), a także FTPS (SSL), SFTP (Secure FTP z użyciem SSH2), S-Key.

CuteFTP umożliwia nawiązywanie połączeń z wykorzystaniem szyfrowania OpenPGP oraz protokołu One Time Password. Daje on również możliwość tworzenia kopii zapasowych stron internetowych i ich synchronizacji, monitorowania lokalnych folderów oraz obsługuje skrypty i makra, pozwalające automatyzować pracę.