CleanGP wyszukuje i usuwa ponad 170 rodzajów niepotrzebnych plików, generowanych przez system bądź inne oprogramowanie. Dodatkowo narzędzie posiada inne przydatne funkcje, do których m.in. należy moduł Oczyszczania Wstępnego Dysku, który oczyszcza dysk z niepotrzebnych plików takich programów jak Mozilla Firefox, Opera, Ad-Aware, IExplorer itd.

, oraz moduł Autostart, w którym użytkownik może przeglądać i w razie konieczności usuwać niepotrzebne lub podejrzane wpisy i skróty programów uruchamianych wraz ze startem systemu Windows. CleanGP oferuje też funkcję Opcji Filtrów, dzięki czemu użytkownik może zadecydować, jakie pliki będą wyszukiwane i usuwane przez program.