PerfectDisk est une très bonne application pour défragmenter les partitions système basées sur un système de fichiers Windows. Le programme offre des fonctionnalités telles que le mode StealthPatrol pour la défragmentation automatique uniquement lorsque l'ordinateur est inactif ou l'option Single File Defrag de PerfectDisk pour permettre à l'utilisateur de sélectionner un fichier à défragmenter. PerfectDisk est également équipé de la fonction de libération automatique de l'espace à partir d'emplacements tels que Panier ou fichiers Internet temporaires.

Cette fonction a également été étendue par un module de recherche pour les fichiers graphiques, texte, musique et vidéo en double. De plus, PerfectDisk peut être utilisé en ligne de commande pour des opérations locales et à distance. La ligne de commande est très étendue et permet aux administrateurs de contrôler entièrement le processus d'optimisation des fichiers sur les disques durs.