Le programme est conçu pour la gestion de la production, ainsi que pour le soutien de l'entrepôt et du service des ventes. Clear-Pro permet, entre autres, la planification de la production, la réalisation de divers types d'analyses, l'établissement de rapports sur les besoins d'approvisionnement, la génération de commandes aux fournisseurs en fonction de l'analyse des pénuries de matériaux, ainsi que la mise en œuvre de la production et permet son règlement et le calcul des coûts de la main-d'œuvre. Le programme dispose également de fonctions de support pour le service magasin et la gestion des ventes.

Il permet de gérer un nombre illimité d'entrepôts avec des méthodes de valorisation déclarées (FIFO, LIFO, moyenne pondérée, probante) et multifonctionnelles (matières premières, produits semi-finis, produits finis, etc.), ainsi que d'émettre différents types de factures et de réaliser des analyses commerciales. La particularité de Clear-Pro est l'utilisation d'un serveur de base de données MySQL gratuit.