PerfectDisk ist eine sehr gute Anwendung zur Defragmentierung von Systempartitionen, die auf einem von Windows unterstützten Dateisystem basieren. Das Programm bietet Funktionen wie den StealthPatrol-Modus für die automatische Defragmentierung nur im Leerlauf oder die Single File Defrag-Option von PerfectDisk, mit der der Benutzer eine beliebige Datei zum Defragmentieren auswählen kann. PerfectDisk ist auch mit der Funktion ausgestattet, automatisch Platz von Orten wie dem Warenkorb oder temporären Internetdateien freizugeben.

Diese Funktion wurde auch um ein Suchmodul für doppelte Grafik-, Text-, Musik- und Videodateien erweitert. Darüber hinaus kann PerfectDisk von der Befehlszeile aus sowohl für den lokalen als auch für den Remote-Betrieb bedient werden. Die Befehlszeile ist sehr umfangreich und ermöglicht es Administratoren, den Prozess der Optimierung von Dateien auf Festplatten vollständig zu steuern.